Орден госпитальеров составляли 8 языков, символично отраженных в окончаниях мальтийского креста. Такая же аналогия прослеживается в количестве капелл кафедрального собора. В каждой из них постоянно горит лампада, озаряющая большую картину и памятник одному или нескольким великим магистрам, происходившим из данного языка.

В настоящее время собор хранит в себе могилы 356 рыцарей. Гробницы прославленных членов ордена находятся под плитами из цветного мрамора. Подобно потолку, пол собора имеет как историческую, так и художественную ценность. В этом месте его сплошь покрывают мозаичные картины с изображением похоронных процессий, морских битв, кипарисов над могилами, тюрем, где при жизни томились покойные, черепов, резвящихся амуров и ангелов, держащих в руках лавровые венки. Над каждым надгробием помещен рыцарский герб с восьмиконечным крестом и девиз, выписанный красивыми золотыми буквами.

Запертая огромным замком чугунная решетка преграждает путь в склеп, где покоятся 26 из 28 глав Мальтийского ордена. Двое из них – Дидье де Сен-Жайль и Фердинанд фон Гомпеш – скончались за пределами Мальты. Однако последний из-за предательства не нашел бы покой рядом с достойными предшественниками, даже если бы умер на родине. В то же время честь быть похороненным в соборе заслужил простой рыцарь Оливер Старки, единственный находящийся здесь нетитулованный покойник. Право расположиться после смерти среди великих магистров ему предоставил совет ордена, оценивший храбрость секретаря ла Валлетта во время Великой осады.

Могилы гроссмейстеров по средневековой традиции находятся в крипте, занимающей подвальное помещение с низким сводчатым потолком. Одно из многих установленных в ней скульптурных надгробий воспроизводит облик легендарного де ла Валлетта. Погребальный монумент основателя столицы Мальты выполнен из черного мрамора. Неизвестно, что именно хотел выразить скульптор, изобразив лежащего рыцаря с приподнятой рукой, но памятник вызывает мрачные ощущения. При взгляде на него, невольно представляется картина процессии людей, заносящих тело в склеп при тусклом свете факелов.

Все реальные и чудесные истории хорошо известны служителям кафедрального собора. Священники-гиды часто сопровождают легенды рассказами о собственной жизни, охотно демонстрируют фотографии и всегда завершают экскурсию фразой: «I would accept a small donation…» («Я приму небольшое пожертвование»). Далеких от католицизма посетителей смущает столь резкий переход от благости к унылой правде жизни. Многие при этих словах спешно ретируются, но большинство не жалеет нескольких лир, понимая, что щедрость является далеко не худшим человеческим качеством, и показав ее в храме, человек будет непременно вознагражден.

Музейные экспозиции занимают почти все второстепенные помещения собора. В открытых и стеклянных витринах представлены гобелены в основном итальянской работы, церковная утварь и одежда разных времен. Роскошные одеяния католических священников до сих пор сияют белыми, черными и пунцовыми красками. На фоне ярких оттенков эффектно смотрятся золотые узоры, повторяющие орнамент стен собора. Среди перевитых лент и розеток четко выделяются двуглавые орлы, мальтийские кресты, кусты хлопка как символ рода Котонер – покровителя ордена.

В одном из залов можно увидеть старинные ноты, написанные знаками в виде больших прямоугольников. Над ними склоняются немногие из гостей, хотя любителей музыки эти вещи привлекают гораздо больше, чем мрачные монументы, подобные горке из человеческих черепов, устроенной во внутреннем дворе храма. Если гость решится потратить на осмотр выставки целый день, то к вечеру его старания будут вознаграждены приятным отдыхом. Мессы в главной церкви Мальты проводятся регулярно, и нередко их читает лично архиепископ, проповедь которого сопровождается звуками органа и пением хора.

Анализируя историю ордена Святого Иоанна Иерусалимского, можно заметить, что его существование сопровождалось конфликтами, чаще происходившими по вине благородных рыцарей. Бытовые склоки, порой доходившие до вооруженных стычек, возникали всюду, где бы ни появлялись госпитальеры, независимо от настроя, статуса, положения их реальных или воображаемых противников. За короткий срок пребывания в Иерусалиме они успели перессориться со всеми влиятельными феодалами.

Высокомерие, агрессивность, мелочные склоки с тамплиерами вкупе с неуважительным отношением к правителям королевства обернулись серьезными неприятностями в тяжелые времена, когда папы и монархи опасались связывать свои планы со скандалистами. Вынужденно покинув Кипр, на Родосе орден враждовал с греками и Римской курией. Едва закрепившись на Мальте, кавалеры ополчились буквально против всех, включив в число врагов королей, папских нунциев, сицилийских владык, местных аристократов, простых мальтийцев и могущественных иезуитов. Последние прибыли на остров по приглашению местного епископа, в 1592 году приняв предложение о сотрудничестве в сфере духовного воспитания.