Покинув Родос, иоанниты не забыли захватить с собой святыню, впоследствии перенесенную в собор Святого Иоанна. Более 200 лет она покоилась в осыпанном драгоценными камнями и золотом реликварии работы Джованни Бернини. С приходом на Мальту французов великий магистр Гомпеш переправился в Триест, захватив руку Иоанна Крестителя вместе с другими ценностями ордена. Отделенный от нее мизинец с 1200 года принадлежал монахам Студийского монастыря, а сегодня выставлен на обозрение публики в Оттоманском музее Стамбула. Средний перст находился в Сербском царстве до того, как Елена Палеолог перенесла ковчег со святыней в Морею, к своему отцу, а тот, спасаясь от турок, передал ее папе Пию XI. Понтифик подарил перст храму Святой Марии Сиенской своего родного города, где он остался навсегда и по сей день является предметом поклонения.

От Шереметева госпитальеры получили ценные, хотя далеко не святые дары: шкурки соболей, чернобурых лисиц, горностаев и куски русских тканей. В последние дни пребывания на острове фельдмаршал осмотрел знаменитый госпиталь, «где содержат во всяком довольстве больных кавалеров и иных всяких чинов немощных людей. Сей гошпиталь снабжен весьма изобильно всяким довольством, строением, живописью, постельми и всякими для больных нуждами, тут же имеются и аптеки преизрядные, а служат больным многие знатные кавалеры».

Пребывание русского посольства на Мальте продолжалось всего неделю и было если не плодотворным, то приятным и гостю, и хозяевам. Госпитальеры ежедневно устраивали в честь посланника приемы с пышными церемониями, парадными обедами, веселыми ужинами. Все дни пребывания высокого гостя были заполнены визитами. Дань уважения ему отдавали члены Капитула и простые рыцари. Сам он навестил лишь адмирала Спинолу, знакомого по морскому путешествию до Мальты. Ставший другом кавалер получил от Шереметева соболей и золотой перстень с большим рубином, обрамленным мелкими алмазами. Утро воскресенья, пришедшегося на православный праздник, боярин провел в кафедральном соборе, где восседал в кресле епископа на двух подушках.

Получив рыцарское звание, Шереметев стал первым русским кавалером Мальтийского ордена и единственным в России обладателем Большого командорского креста. Женатый и преданный своему царю, он присоединился к орденской братии в нарушение устава, спешно, без положенных церемоний. Обряд состоялся накануне отъезда, а на следующий день фельдмаршал прибыл во дворец к прощальному обеду, где принял священный символ из рук де Переллоса: «Пред обедом магистр взял золотой, усыпанный алмазами крест в руку и сказал речь, превознося цену и действие знака, который все христовы кавалеры носят на одежде». Точно так поступил и русский посланник, позволив собравшимся называть себя братом. Ответным подарком гроссмейстеру, вероятнее всего, была старинная икона Богородицы. При вручении креста великий магистр отметил, что он должен принадлежать только одному человеку, поскольку вручается в качестве вознаграждения за личные заслуги. Никто из родственников не имеет права носить награду предка, хотя включить ее изображение в родовой герб может каждый. Право на священный знак ордена закреплялось документом с подписью папы, какой перед отплытием на родину получил новоиспеченный мальтийский кавалер Борис Петрович Шереметев.

Как и при встрече, при отплытии рыцари охраняли посольство в открытом море. Русские расположились на орденских галерах и, может быть, потому сумели уцелеть, когда ночью за ними погнались пираты. В екатерининские времена ненадолго прерванные связи двух держав восстановились, хотя и стали более меркантильными. Императрица открыто выражала желание приобрести один из островов архипелага, о чем заявлял постоянный представитель России на Мальте. Сделка могла бы состояться, поскольку неоднократно обсуждалась капитулом. Однако стороны не пришли к согласию; невзирая на выгодные условия, кавалеры решили не расставаться со своей собственностью и дипломатические отношения от этого нисколько не пострадали.

В те годы русские корабли часто появлялись в Большой гавани, страны совершали обмен пленниками, офицеры «Ея Величества» обучались морскому делу во флоте ордена. Мальтийские верфи принимали на ремонт поврежденные российские суда, что стало причиной посещения архипелага Алексеем Орловым. Граф совершал поездку инкогнито, интересовался судьбой земляков и долго осматривал разбитый во время шторма фрегат «Саратов». Незадолго до смерти императрицы на Мальту прибыл первый консул, а в Санкт-Петербурге обосновался орденский представитель – граф Джулио Литта, которому выпала главная роль в русско-мальтийской драме времен царствования Павла I.

Слишком короткий срок – всего около столетия – потребовался членам ордена Святого Иоанна Иерусалимского, чтобы кардинально изменить образ жизни, а следовательно и мировоззрение. В тяжелые времена Средневековья они заботились о защите христианства, помогали больным и бездомным, отстаивая свои немалые права в кровавых схватках. После блистательной победы над турками воинственность начала медленно угасать. Некогда внушавшие почтение и страх воины Христа занялись бытовыми вопросами, облачились в шелка и кружево, переселились во дворцы, не уставая состязаться друг с другом в богатстве.

Оставаясь военным союзом, орден постепенно превращался в «учреждение для поддержания праздности младших отпрысков нескольких аристократических семейств». Рыцари больше не спали в одной большой комнате и не ели вчетвером из одной тарелки. К началу XVIII века братья обосновались в обержах, где жизнь была намного более комфортабельной. Рыцарские общежития на Мальте представляли собой двухэтажные здания со строгими фасадами и уютными внутренними дворами. Жилые покои, как правило, находились на втором этаже, куда вела широкая каменная лестница. Двери комнат выходили в длинный коридор, причем каждый рядовой член ордена занимал два помещения. По ночам из окон доносилась музыка, звучал женский смех, а дневную тишину нарушал храп отдыхавших после вечеринки братьев. Пиры в обержах и дворцах орденских правителей сопровождались азартными играми, по обыкновению завершаясь пьяными вакханалиями.