В последующие годы (1907–1908) основная деятельность С. А. Чаплыгина протекает всецело на МВЖК, в университете и Инженерном училище.

1909, с 28 декабря 1909 по 6 января 1910 — Участвует как член-распорядитель на XII съезде русских естествоиспытателей и врачей.

В секции математики сделал доклад «О приближенном вычислении интегралов дифференциальных уравнений» и 30 декабря принял участие в обсуждении доклада Н. Е. Жуковского «Применение методы Кирхгоффа к расчету аэропланов», причем указал простой способ определения величины циркуляции, получивший всемирную известность как постулат Чаплыгина — Жуковского.

1910, 16 февраля и 16 марта — Докладывал свою работу «О давлении плоскопараллельного потока на преграждающие тела», представляющую теорию аэроплана. Отдельное издание Московского университета.

27 октября — В Научно-техническом комитете Московского общества воздухоплавания сделал доклад «Результаты теоретических исследований о движении аэропланов».

1911, 28 февраля — Покидает Московский университет в знак протеста против распоряжения министра Кассо о вводе в университет полиции.

В «Математическом сборнике» публикует «К теории движения неголономных систем. Теорема о приводящем множителе».

1912 — На II Всероссийском воздухоплавательном съезде делает доклад «Новые теоретические соображения о поддерживающих планах».

Берет должность ординарного профессора в Московском коммерческом институте.

1913 — В Математическом обществе доклады: «О давлении потока на решетку» и 22 октября — «Вихревая теория подъемной силы крыла».

1914 — В «Математическом сборнике» публикует «Теорию решетчатого крыла».

1917 — Возвращается к преподаванию в Московском университете.

1918 — Назначен ректором 2-го Московского университета.

Назначен заместителем председателя коллегии Кучинского аэродинамического института.

Приглашен консультантом в Комиссию особых артиллерийских опытов.

1919 — В Комиссии особых артиллерийских опытов делает сообщение «О вычислении силы сопротивления воздуха полету снарядов с различными очертаниями головной части».

Публикует в бюллетенях Научно-экспериментального института путей сообщения «Новый метод интегрирования общего дифференциального уравнения движения поезда» и «Основания нового способа приближенного интегрирования дифференциальных уравнений».

1920, 16 мая — В Математическом обществе делает доклад «О приближенном интегрировании дифференциальных уравнений».

Избирается членом Коллегии ЦАГИ.

Избирается заместителем председателя жилищной секции ЦЕКУБУ.

1921, 20 марта — Произносит речь на могиле Н. Е. Жуковского.

Назначается председателем Коллегии ЦАГИ и погружается в руководящую работу по строительству лабораторий. В «Научно-техническом вестнике» Высшего Совета Народного Хозяйства публикует «Схематическую теорию разрезного крыла аэроплана».

1923 — Назначается консультантом строительства Днепровской гидростанции.

1924 — Избран членом-корреспондентом Академии наук СССР по разряду математических наук.

1925 — В «Трудах Днепростроя» публикуется статья «К теории гидрокона» и в «Вестнике Воздушного Флота» — «Задача Чаплыгина» — о траектории аэроплана, охватывающей небольшую площадь.

1926 — Доклад в Научно-техническом комитете ВСНХ о строительстве ЦАГИ и пятилетнем плане работы института.

В «Трудах ЦАГИ» публикует статью «О влиянии плоскопараллельного потока воздуха на движущееся в нем цилиндрическое крыло».

В «Трудах геофизической обсерватории в Кучине» совместно с профессором А. Л. Лаврентьевым публикует работу «Об одном случае плоского движения несжимаемой жидкости с образованием свободных границ».

1927, 10 ноября — Постановление ВЦИК о награждении орденом Трудового Красного Знамени.

1928, 8 октября — Назначается директором ЦАГИ.

Избран членом Московского городского и Московского областного Совета рабочих и крестьянских депутатов.

1929, 12 января — Избран действительным членом Академии наук СССР по отделению физико-математических наук.

1931 — По состоянию здоровья перешел с должности директора ЦАГИ на должность начальника общетеоретической группы ЦАГИ.

18 февраля — Председатель Реввоенсовета К. Е. Ворошилов выражает благодарность за создание ЦАГИ.

27 апреля — Общее собрание Академии наук выносит постановление об издании Собрания сочинений С. А. Чаплыгина.

В «Трудах ЦАГИ» публикует — «К теории открылка и закрылка».

1932, 15 октября — Утвержден президиумом АН СССР председателем Бюро группы отделения математических, естественных и технических наук и председателем Технической группы. Отдельное издание «Нового метода приближенного интегрирования дифференциальных уравнений».