Разведданные относительно намерений Японии, поступившие от группы Зорге после начала операции «Барбаросса», основывались на одном ошибочном предположении. Передаваемая Зорге информация не была, как многие считают, уникальной. Кое-что поступало одновременно из перехваченных японских дипломатических телеграмм. Пожалуй, именно благодаря этому совпадению сообщений Зорге и завоевал полное доверие Москвы всего за три недели до своего ареста японской службой безопасности. После ареста Зорге сообщения, подтверждающие намерения Японии, продолжали поступать. В расшифрованной телеграмме от 27 ноября 1941 года, отправленной из Токио в посольство в Берлине (а может быть и в Москве), говорилось: «Необходимо встретиться с Гитлером и Риббентропом и тайно разъяснить им нашу позицию в отношении Соединенных Штатов… Объясните Гитлеру, что основные усилия Японии будут сконцентрированы на юге и что мы предлагаем воздержаться от серьезных действий на севере.» Наиболее значительные успехи советских криптологов времен войны связаны с расшифровкой японских кодов и шифров. В феврале 1941 года группа дешифровки спецотдела была передана Пятому (шифровальному) Управлению НКГБ (позднее НКВД). Ядром нового управления был Исследовательский отдел, который занимался разгадыванием иностранных систем кодировки и шифрования. Работа ведущего специалиста по Японии С. Толстого была отмечена выше, чем любого другого советского криптолога времен войны, — его наградили двумя орденами Ленина. Его главными помощниками были профессор Шумский, филолог-японист полковник Котельников и Каспаров. Сам Толстой умер вскоре после победы. Благодаря своей успешной работе группа смогла снять с ГРУ часть нагрузки по дешифровке сообщений японской армии. Одной из задач первой группы Пятого Управления было наблюдение за передвижением Квантунской армии, выявление свидетельств готовящегося нападения на Советский Дальний Восток.

Сообщения о намерениях Японии, полученные Сталиным от Зорге и Пятого Управления, позволили ему перевести на Запад половину войск Дальневосточного округа. В течение октября — ноября от 8 до 10 стрелковых дивизий вместе с тысячей танков и тысячей самолетов были брошены на германский фронт. Они прибыли туда в наиболее критический момент. 2 октября Гитлер начал наступление на Москву, известное под кодовым названием «Операция Тайфун», которую он назвал «последней решающей битвой войны». Через два дня, выступая перед возбужденной толпой в берлинском «Спортпаласе», он заявил: «Враг разгромлен, и ему уже не удастся собраться с силами!» Но Москва не пала. Защита Советского государства стала священной войной за Родину-мать. Сталин превратился в символ национального единства в борьбе против коварного захватчика. Хотя государственные учреждения и иностранные представительства были в середине октября эвакуированы на Волгу — в Куйбышев, Сталин оставался в Кремле. «Сталин с нами!» — было постоянным лозунгом защитников Москвы. Сурков в своей «Клятве воина» очень точно отразил настроение народа:

«Я знаю…: борьба будет кровавая, трудная… но победа будет за мной. Слезы женщин и детей кипят в моем сердце. За эти слезы своей волчьей кровью ответят мне убийца Гитлер и его орды… [2]

Защитники Москвы и Ленинграда и предположить не могли, что главной целью Сталина в октябре 1941 года было не руководство Красной Армией в героическом сопротивлении, а поиск с помощью НКВД путей заключить мир с Гитлером.

7 октября Георгия Жукова, самого выдающегося военачальника в Красной Армии, вызвали в кабинет Сталина в Кремле. В кабинете были только Сталин и Берия. Оба считали, что Красная Армия терпит поражение. К тому времени Берия снова непосредственно владел всей империей разведки и службы безопасности, которую он унаследовал от Ежова. В июле 1941 года НКГБ был вновь поглощен НКВД и в качестве независимой организации возродился лишь в апреле 1943 года. Война упрочила позиции Берии как руководителя службы безопасности, облеченного наибольшей властью за всю историю страны — он стал одним из пяти членов созданного после гитлеровского нападения Государственного комитета обороны, в который входили также Сталин, Молотов, Ворошилов и Маленков.

Берия не произнес ни слова, когда Сталин говорил Жукову, что Красная Армия не имеет достаточно сил, чтобы противостоять наступлению немцев на Москву. Настало время последовать ленинскому примеру, который в марте 1918 года, не видя иного выхода, подписал с Германией позорный брест-литовский мир. Обратившись к Берии, Сталин поручил ему найти пути заключения нового «Брестского мира» с Германией, пусть даже ценой прибалтийских республик, Белоруссии, Молдавии и части Украины. Отобранные Берией агенты НКВД обратились к послу Болгарии в Москве Стотенову быть посредником. Стотенов согласился, но все его попытки были отвергнуты немцами.

Даже когда судьба Москвы висела на волоске, Берия продолжал чистку руководящих военных кадров. В ночь с 15 на 16 октября центральный аппарат НКВД был эвакуирован в Куйбышев. Вместе с ним были эвакуированы и высокопоставленные руководители, которых в то время допрашивали на Лубянке. Триста других заключенных, для которых не нашлось транспорта, просто расстреляли. Допросы оставшихся продолжались в Куйбышеве. После ареста в 1953 году Берия признался: «Допрашиваемых безжалостно избивали. Это была настоящая мясорубка.» Все, за исключением генерала А.Д. Локтионова, который героически выдержал все пытки, признались в вымышленных преступлениях, которые НКВД им инкриминировал. Как писал советский военный историк генерал-лейтенант Николай Павленко, «сотни высокопоставленных военных специалистов ждали в застенках своей смерти, а на фронтах в это время лейтенанты командовали полками.» Некоторые военачальники из числа перевезенных в Куйбышев были расстреляны 28 октября. Затем Сталин вдруг распорядился прекратить расследования, которые вел Берия. Двое самых старших по званию и должности из арестованных военачальников — генерал К.А. Мерецков, бывший начальник Генерального Штаба, и генерал Б.Л. Ванников, бывший нарком боеприпасов, — оказались среди освобожденных и реабилитированных, несмотря на то, что признали себя виновными в вымышленных преступлениях.

Приостановка проводимой НКВД чистки высшего командного состава совпала с изменениями в ходе войны. Москва не пала. Уверенный в том, что Красная Армия будет разгромлена еще до конца осени, Гитлер хвастался: «Зимней кампании не будет.» Теперь его войска, не обеспеченные зимней одеждой, замерзали. Раненые и обмороженные солдаты умирали от холода даже в госпиталях. В декабре Жуков начал под Москвой наступление, в результате которого вермахт был отброшен и впервые в этой войне вынужден был перейти в оборону. Эта победа сделала Жукова национальным героем, но он-то знал, что Сталин косо смотрит на его популярность. Позже Жуков говорил: «Я принадлежал к той части военачальников, которые избежали ареста, но опасность эта висела надо мной еще пять лет.» Жуков считал, что арестом его помощника по оперативным вопросам и боевой подготовке генерал-майора B.C. Голушкевича Сталин дал ему понять, что и он сам может оказаться в руках НКВД.

В советских документах о подпольных группах сопротивления в Германии, возглавляемых Харро Шульце-Бойзеном и Арвидом Харнаком, подчеркивается, что разведывательная информация, которую они поставляли, помогла в борьбе с немецкими оккупантами.

Начиная с осени 1941 года героические участники сопротивления начали поставлять высшему советскому руководству ценную разведывательную информацию. Шульце-Бойзен благодаря тому, что служил в разведуправлении люфтваффе (военно-воздушных сил), и своим обширным связям в военных кругах, включая абвер (военная разведка), получал исключительной важности сведения о гитлеровских планах.

Гестапо арестовало Шульце-Бойзена 30 августа, а Харнака 3 сентября 1942 года. К 22 декабря, когда их казнили в Берлине, были выявлены более восьмидесяти членов их групп. Хотя их наиболее важные контакты были в ВВС, Министерстве авиации, Министерстве обороны и в руководстве вспомогательных видов войск, они имели связи и в Министерстве пропаганды, Министерстве иностранных дел, в берлинском магистрате, Министерстве расовой политики и в Министерстве защиты труда. Расследование нацистской полиции безопасности и службы безопасности с тевтонской точностью выявило, что среди арестованных были: