Международный военный трибунал обвинил Рудольфа Гесса по всем четырем разделам обвинительного заключения. Он принадлежал к верхушке нацистской партии и был облечен полномочиями принимать решения по всем вопросам партийного руководства, а как рейхсминистр без портфеля он предварительно санкционировал все законопроекты. На этих должностях он активно поддерживал подготовку к войне и, в частности, подписал 16 марта 1935 года закон об обязательной воинской повинности.

Хотя Гесс не принимал непосредственного участия в преступлениях, совершенных на Востоке, он мог быть осведомлен о них. И это он предлагал дискриминирующие законы против евреев и поляков.

Трибунал в Нюрнберге приговорил Гесса к пожизненному заключению, хотя член Международного военного трибунала от СССР И. Т. Никитченко выступил с особым мнением и заявил, что единственно правильной мерой наказания для Гесса является смертная казнь.

Утром 18 июля 1947 года Рудольф Гесс и еще шесть осужденных были доставлены самолетом «Дакота» из Нюрнберга на аэродром Гатов, а затем перевезены в тюрьму военных преступников Шпандау, находившуюся на территории британского сектора Берлина.

В целях конспирации их везли в автозаке с закрашенными черной краской окнами.

После обыска и медицинского осмотра заключенным выдали поношенные концлагерные робы серого цвета с номерами на коленях и спине.

Рудольф Гесс получил седьмой номер (номера присваивались по порядку поступления заключенных в тюремный блок), хотя, по одной из легенд, Гесс, считавший себя главным в семерке заключенных, потянулся было к комплекту одежды с номером один, но старший надзиратель быстро среагировал на это и передал этот комплект самому молодому заключенному — 40-летнему Бальдуру фон Шираху.

Эти номера заменили заключенным имена и использовались персоналом при обращении к ним.

В комплект одежды заключенных Шпандау также входила американская военная шинель, перекрашенная в черный цвет, тюремные шапочки и соломенные сандалии, позже замененные башмаками на деревянной подошве.

Кстати, впоследствии, когда заключенных в Шпандау осталось только трое, требования к одежде были несколько смягчены, и тот же Гесс, например, в 1957 году ходил уже в коричневом вельветовом костюме, но с нашитыми номерами на коленях и спине. В это же время заключенным разрешили носить обычную обувь вместо деревянных башмаков.

В соответствии с приговором Международного военного трибунала заключенные должны были находиться в тюрьме под стражей. Их разместили в одиночных камерах размером три на два метра во внутреннем тюремном блоке так, чтобы они не могли перестукиваться.

К приему «гостей» тюрьму готовили старательно: в камерах оборудовали раковину и унитаз, там имелись железная койка с матрацем и простынями, деревянный табурет и стол.

Обыскивать заключенных разрешалось в любое время.

Заключение было одиночным, но работа, прогулки и посещение часовни оставались общими.

Вначале неповешенным в Шпандау были запрещены разговоры между собой или с другими лицами. Позднее в тюремный устав были внесены изменения, позволившие заключенным общаться во время работы и прогулок.

Свидетели отмечают, что Рудольф Гесс вел себя высокомерно, сторонился других заключенных, избегал общих разговоров и требовал от них обращения по должности «заместитель фюрера». Другие заключенные тяготились его неприятным присутствием и часто жаловались на Гесса тюремному начальству.

Эрих Редер не скрывал своей ненависти к Гессу, а Карл Дёниц демонстрировал свое недовольство привилегированным положением Гесса. Он называл Гесса за его высокомерную отчужденность «Ваша арестованная светлость» и «Герр барон». Только Альберт Шпеер с сочувствием относился к странностям Гесса и испытывал к нему симпатию, хотя эксцентричный Гесс в ответ на дружеское отношение только ощетинивался и временами относился к нему как к своему лакею, грубо и властно отдавая приказы без всяких «пожалуйста» и «спасибо».