Став офицером Генштаба, Деникин удалился от интереса к политике. Со своим природным полководческим талантом и на посту ротного он вникал в недочеты системы боевого обучения, писал по начальству и в журнальных статьях на эту тему.

Например, тогда в вооружение армий вводилась скорострельная артиллерия и пулеметы. В военной печати раздавались голоса, предостерегавшие об обязательной «пустынности» полей сражений. Деникин так же горячо утверждал, что теперь на них любую компактную цель уничтожат огнем. Но даже в их передовом, пограничном Варшавском округе пехота «ходила ящиками». Густые ротные колонны стрелковыми цепями на ученьях под предполагаемым огнем передвигались шагом и в ногу! Поэтому всамделишные пули будут косить их в первые месяцы японской войны.

Осенью 1903 года в Варшаве Деникина перевели в старшие адъютанты здешнего штаба 2-го кавалерийского корпуса.

В это время общественные круги России вглядывались в ее пока бескровный конфликт с Японией. Последние годы было очевидно, что японцы готовятся к локальной войне в Корее и Маньчжурии против российского влияния. Они хотели взять реванш за русское вмешательство в итоги японо-китайской войны и окончательно установить свою гегемонию в Корее.

Дело в том, что в 1896 году Россия получила от китайского правительства концессию на постройку ветки Транссибирской железной дороги через Маньчжурию, а в 1898 арендовала у Китая Квантунский полуостров, создав на нем военно-морскую базу Порт-Артур. В 1900 году, помогая с другими державами китайцам подавить ихэтуаньское («боксерское») крестьянское восстание против «заморских чертей» в Северном Китае, русские оккупировали Маньчжурию. В Корее же российским советникам и военным инструкторам пришлось отступить, японцы начали обосновываться там. Это серьезно угрожало российскому Приамурью, Транссибу и плаванию наших дальневосточников через Корейский пролив.

Масла в огонь подливала закулисная авантюристическая политика правительственных чиновников. В центре ее с 1903 года стоял Управляющий делами Особого комитета Дальнего Востока А. М. Абаза, за глаза выставлявший военного министра Куропаткина «штабным писарем». В пару ему действовал отставной штаб-ротмистр Безобразов, неожиданно удостоившийся звания статс-секретаря Его Величества. Они в компании других высокопоставленных приобрели концессию на эксплуатацию лесов Северной Кореи и якобы для охраны лесорубов собирались вводить туда военные отряды.

Оценивая царское правительство, Деникин позже так это комментировал:

«Комитет министров не представлял из себя объединенного правительства, обладающего инициативой и коллегиальной ответственностью. Решения огромной государственной важности принимались в Петербурге нередко без широкого обсуждения или вопреки мнению другого министра, иногда безответственного лица. Тайные дипломаты, вроде Абазы, ставили не раз членов правительства перед совершившимся фактом. А страну и те, и другие держали в полном неведении».

Результатом небескорыстных дворцовых интриг в июле 1903 года стало учреждение государем наместничества на Дальнем Востоке со включением в него Приамурского генерал-губернаторства, Квантунского округа и российских учреждений и войск в Маньчжурии. Наместником назначили адмирала Алексеева, находившегося под сильным влиянием «команды» Абазы-Безобразова. Был тот бесцветным человеком: ни флотоводцем, ни полководцем, ни дипломатом. Решительного поборника мира на Дальнем Востоке графа Витте убрали с поста министра финансов, тоже недовольный Куропаткин подал прошение об отставке.

Все это было на руку Англии, заключившей с Японией в 1902 году союз. Поддерживали страну Восходящего солнца и Соединенные Штаты. Позже, с апреля 1904 года по май 1905-го британцы и американцы выделят Японии четыре займа на 410 миллионов долларов, которыми она покроет 40 процентов своих военных расходов. Пестовали агрессивность Японии, готовя бумеранг по себе через десятилетия. И с конца XIX века германский император Вильгельм систематически провоцировал Россию на дальневосточный конфликт, чтобы, ослабив ее, развязать себе руки на Западе. Лишь французы исторически держались на стороне русских.

Данную ситуацию и происшедшее потом умудренный Антон Иванович оценивал так:

«Теперь, после всех событий Второй мировой войны, потрясших мир, подход к возникновению русско-японской войны должен быть коренным образом пересмотрен. Несомненно, более прямая и дружественная политика русского правительства к Китаю и устранение закулисной работы темных сил могли бы отдалить кризис. Но только отдалить. Ибо тогда уже выявилась паназиатская идея, с главенством Японии, овладевшая водителями молодой, недавно выступившей на мировую арену державы, и проникавшая в толщу народа. И если в течение ряда последовавших лет сменявшиеся у кормила власти японские партии минсейто и сейюкай и обособленная военная группа («Черный Дракон») весьма расходились в методах, сроках и направлениях экспансии, то все они одинаково представляли себе «историческую миссию» Японии.

России суждено было противостоять первому серьезному натиску японской экспансии на мир. Конечно, русское правительство виновно в нарушении суверенитета Китая выходом к Квантунским портам. В морально-политическом аспекте все великие державы не были безгрешны в отношении Китая, используя его слабость и отсталость путем территориальных захватов или экономической эксплуатации; практика иностранных концессий и поселений была вообще далека от идиллии содружества… Но последующие события свидетельствуют, что, при отказе от оккупации Маньчжурии и при уважении там договорных прав иностранных держав, русская акция была неизмеримо менее опасной и для них, и для Китая, нежели японская».