В 1945 г. на Ер-2 появляется необычный камуфляж. Границы цветовых полей представляли собой ломаные прямые. Такой стиль окраски и время его появления позволяют предположить, что цветами были серо-голубой (А-33м) и темно-серый (А-32м). Подобную расцветку предполагалось ввести на всех самолетах советских ВВС с ноября 1944 г.

В отличие от большинства советских самолетов периода ВОВ, фотографии Ер-2 с нарисованными на бортах личными эмблемами, дарственными надписями или обозначениями побед неизвестны.

Три Ер-2 выпуска завода № 18 в 1943 и 1944 гг. получили гражданские опознавательные знаки. Это были: № 1851106 (СССР-И541), № 1850405 (СССР-И586) и № 1850604 (СССР-И638), принадлежавшие соответственно моторостроительным заводам № 45, № 26 и № 16.