Поводы для столкновений возникали постоянно.

По предложению Зинина и Бутлерова Академия наук присудила Ломоносовскую премию в 1870 году известным химикам А. Н. Энгельгардту и Н. А. Лачинову за исследование креозолов и нитросоединений.

Прежде чем присужденная премия была выдана, Энгельгардт подвергся аресту, заключению в Петропавловскую крепость и высылке затем в свое имение за революционную деятельность. Непременный секретарь академик Веселовский, игравший в академии главную роль, предложил отменить присуждение премии.

— Мы — храм чистой науки, — проповедовал он, — мы должны стоять в стороне от политики!

— Это довод не научный! — отвечал Бутлеров.

— Да неужели же Энгельгардт в самом деле заслуживает премии? — с злобной язвительностью спросил Веселовский.

— Я имею привычку руководствоваться в своих мнениях и поступках искренним убеждением, — отвечал непокорный адъюнкт.

Не раз в жизни приходилось Бутлерову сталкиваться во мнениях с учеными-собратьями, не раз из-за таких столкновений он вставал в резкие отношения с некоторыми из них. Но никогда еще и никто не сомневался в чистоте и искренности его намерений и побуждений.

— Для этих господ искренность убеждения, чистота намерений гроша медного не стоят, — говорил Николай Николаевич в ответ на возмущение Бутлерова после столкновения с Веселовским. — А вот возьмите-ка, друг мой, устав академии, проштудируйте его, да на него в таких случаях и ссылайтесь!

Устав гласил, что «Академия наук есть первенствующее ученое сословие в Российской империи», что «академии надлежит обращать труды свои непосредственно в пользу России», что «академии предоставляется право избрания на открывающиеся места академиков и адъюнктов»; причем «при равных достоинствах ученый русский предпочитается иноземцу».

То, что Зинин, а теперь и Бутлеров увидели в академии, не соответствовало благим намерениям авторов устава. Вакантные места в академии существовали, а оставались незамещенными, хотя русских ученых, имевших все права на избрание, было немало. Такое положение дела было тем более странным, что устав давал академии право избирать в свой состав отличных ученых «хотя бы и не было вакансий».

Непризнание русских ученых «первенствующим ученым сословием России» подтвердилось вскоре скандальным фактом с присуждением премии К. М. Бэра дерптскому ботанику Эдмунду Руссову.

Комиссия, присуждавшая премию, предпочла сочинение, написанное на немецком языке, работе И. И. Мечникова, написанной по-русски. Ботаник Н. И. Железнов и физиолог Ф. В. Овсянников сильно протестовали против такого решения большинства, считая более достойной премии работу Мечникова.

Бутлеров и Зинин не могли судить о работах не по их специальности. Возмутило их другое — обращение членов комиссии Брандта, Шренка, Штрауха и Максимовича к берлинскому профессору Брауну с просьбой дать разбор сочинения Руссова. Поэтому они присоединились к протесту Железнова и Овсянникова.

— Обращение за мнениями к иностранным ученым, если есть не менее заслуженные свои, мы считаем оскорблением и унижением российского первенствующего ученого сословия!

Протест русских академиков не был принят во внимание. Тогда последовал протест всей русской научной общественности. Письмом в газету «Голос» крупный ботаник и ректор Петербургского университета А. Н. Бекетов указывал, что посылка сочинений на рецензирование за границу есть «действие, оскорбительное для русских ученых», и называл ряд русских имен, игнорирование которых «более чем странно». Вслед за тем появились письма Мечникова, А. О. Ковалевского. Вопрос из стен академии вышел на страницы газет.

Академическое большинство выступило в лице Максимовича в защиту решения комиссии, а Веселовский в очень резкой форме обратился к Железнову и Овсянникову с выговором.

— Не только за самого себя, но и за непременного секретаря я был рад, что допущенная им резкость касалась не меня! — говорил Бутлеров Николаю Николаевичу, рассказывая о происшедшем.

Открытость, прямота и принципиальность, с которыми действовал Бутлеров в академии, отстаивая дело русской науки, привлекали к нему симпатии передовых кругов. Но та же открытость, прямота и принципиальность, с которыми неоднократно выступал Александр Михайлович по вопросам так называемого «медиумизма», принесли ему горькую и незаслуженную славу спирита: медиумами в те времена назывались люди, которые якобы общались с «духами» умерших и говорили от их имени.

Статьи и отдельные высказывания Бутлерова о медиумах и медиумизме вызывали между друзьями ожесточенные дискуссии и вот-вот грозили непривлекательным концом их дружеским отношениям.