В течение первых двух-трех недель боев советские ВВС были разбиты и перешли к глухой обороне. Погибло множество опытных пилотов. У молодых же пилотов даже с летной подготовкой дело обстояло неважно, не говоря уже об умении вести бой. В качестве примера можно привести перелет 20 МиГов-3 из 49-го ИАП по маршруту Расскарово-Лебедин 13 сентября. На маршруте два самолета разбились и сгорели, пять совершили вынужденную посадку и капотировали, еще два получили при посадке меньшие повреждения. Немногочисленные разведывательные эскадрильи практически прекратили свое существование. Приходилось искать им замену. Для разведки привлекали истребители, обладавшие высокой скоростью и возможностью маневра. В начале августа для ВВС Западного фронта сформировали 38-ю отдельную разведывательную эскадрилью (РАЗ), насчитывавшую 16 самолетов: 4 Пе-2, 4 МиГ-3 и 8 ЛаГГ-3. В первые дни на фронте эскадрилья потеряла 2 Пе-2 и 2 МиГ-3. МиГи из 38-й РАЗ несли фотоаппараты, установленные в контейнере под фюзеляжем. Расположение фотоаппарата было неудобным, он находился в опасной близости от земли во время рулежки. Сам контейнер сильно нарушал аэродинамику самолета, значительно сокращая радиус действия. Пилоты также жаловались на плохой обзор вниз из кабины. Командир эскадрильи подполковник Малышев Предложил перенести камеру внутрь фюзеляжа и оснастить самолеты подвесными топливными баками. Первое предложение было реализовано, до реализации второго дело не дошло.

Летом 1941 года лучше других были оснащены полки, действовавшие в составе Южного фронта. На 17 июля 4-й ИАП насчитывал 10 боеспособных МиГов-3 и 13 нуждавшихся в ремонте. В 55-м ИАП было, соответственно, 16 и 3 МиГа-3, в 69-м ИАП оставалось только 2 исправных МиГа, а в 299-м ШАП -18 и 12. В 131-м ИАП было 4 исправных истребителя и один в ремонте.

23 июня в районе Кишинева произошел бой межу МиГами из 4-го ИАП и Bf 109 из Stab и II./JG 77. Двадцать немецких самолетов атаковали советский аэродром, уничтожив на нем восемь самолетов. В этот момент, МиГи, поднявшиеся в воздух, перехватили противника. Афанасий Карманов заявил три сбитых Bf 109. Одним из сбитых оказался фельдфебель Ганс Ильнер из 4./JG 77. Карманов уже собирался сесть на аэродроме Ревака, когда заметил четыре Bf 109 шедшие к советскому аэродрому. У советского пилота почти не оставалось бензина и патронов, но он атаковал противника, намереваясь нарушить его замыслы. В завязавшемся бою МиГ был сбит. Карманов покинул машину, но его парашют не раскрылся. По-видимому, Карманова сбил обер-лейтенант Курт Ласе из III./JG 77, это была его четвертая победа.

В тот же день А. Покрышкин заявил свою первую победу - Bf 109. Следующий «мессер» Покрышкин сбил 24 июня. По-видимому, его жертвой стал фельдфебель Отто Кёлер из II./JG 77, сбитый в районе, где Покрышкин вел бой.

В ночь с 24 на 25 июня ст. лейтенант Константин Оборин из 246-го ПАП в районе Одессы повредил винтом Не 111 из 4./KG 27. «Хейнкель» совершил вынужденную посадку, экипаж бомбардировщика почти тут же подобрал другой Не 111. Сам Оборин хотя и пережил таран, но получил ранение, от которого умер 18 августа.

25 июня произошло сражение между четырьмя Bf 109 из 11./JG 77, ведомыми обер-лейтенантом Вальтером Хёкнером, и МиГами из 55-го ИАП, сопровождавших двенадцать бомбардировщиков СБ. Сопровождение не справилось с поставленной задачей, в результате немцы заявили десять сбитых бомбардировщиков, в том числе Хёкнер заявил восемь.

МиГи-3 из 120-го ИЛИ (с марта 1942 года 12-й ГВИАП), входящего в систему ПВО Москвы.

В тот же день боевые действия начались на границе с Финляндией. На Карельском фронте МиГи-3 имелись в составе 7-го и 153-го ИАП, в общей сложности 105 самолетов.

55-й ИАП в первые дни войны показал себя как наиболее результативный истребительный полк. А.И. Покрышкин 26 июня снова увеличил свой боевой счет, заявив два сбитых Hs 126 в районе Бельцов. Но в этом же бою был сбит ведомый Покрышкина мл. лейтенант Довбря.

На следующий день командир полка Иванов сбил Hs 126. Ведомый Иванова слишком далеко сопровождал падающий «Хеншель», и вместе с ним врезался в землю. По словам Покрышкина, пилот потерял скорость и свалился в штопор когда обстреливал горящий Hs 126.

Пять остальных МиГов, летевших с Ивановым, начало атаку колонны немецких грузовиков. В этот момент появилось восемь Bf 109 из II./JG 77. Когда Покрышкин развернулся в сторону противника, выяснилось, что остальные МиГи повернули в противоположную сторону. Немцы разделились на две четверки. Одна атаковала Покрышкина, а другая отправилась в преследование за Ивановым. Покрышкин умело маневрировал, сумел уйти от атаки и скрыться в облаках. Когда он попробовал покинуть свое укрытие, то вывалился прямо на Bf 109. Пилот не растерялся и обстрелял немца с короткой дистанции. Но в этот момент он сам оказался под огнем. Тем не менее, Покрышкин сумел избежать попадания, а вскоре немцам пришлось лечь на обратный курс - по-видимому, у них кончалось топливо.

У группы Иванова один МиГ получил попадание и совершил вынужденную посадку. Эта победа на счету фельдфебеля Рудольфа Шмидта из 5./JG 77, его пятнадцатая победа.

Вскоре три МиГа из 55-го ИАП вылетели на перехват группы бомбардировщиков, шедших на Кишинев. Пилотами МиГов были: Покрышки, мл. лейтенант Леонид Дьяченко и мл. лейтенант Николай Лукашевич.

Из семи Ju 88 Покрышкин и Дьяченко сбили по одному самолету. В этот момент советских пилотов атаковала четверка Bf 109. Уходить было поздно, группа Покрышкина приняла бой. Дьяченко был сбит, вероятно эта победа на счету Ганса Эсера из 5./JG 77. В свою очередь Лукашевич заявил победу. Он сбил унтер-офицера Лойя, которому пришлось совершить вынужденную посадку. За первую неделю боев Покрышкин сбил шесть самолетов: 3 Bf 109, 2 Hs 126 и Ju 88.

В субботу 28 июня командир эскадрильи 147-го ИАП ст. лейтенант Леонид Илларионович Иванов на МиГе-3 вел бой с восемью Bf 109, атаковавшими его аэродром. Иванов сбил трех «мессеров», а четвертого таранил. При таране Иванов погиб, 22 июля он был посмертно представлен к медали Герой Советского Союза.

В тот же день мл. лейтенант Николай Васильевич Яковлев из 55-го ИАП в районе Котовска таранил своим МиГом Ju 88, ведущий группу немецких бомбардировщиков.

Заправка замаскированного МиГа-3, лето 1941 года.