После Февральской революции, в мае 1917 года, Глинский, ставший профессиональным революционером, добровольцем вступает в 12-й Сибирский полк и в конце того же месяца в составе этого полка отправляется на Северный фронт, под Ригу. По заданию партии он ведет революционную пропаганду среди солдат. Вскоре Станислав переводится в 17-й Сибирский полк, где избирается председателем полкового комитета. Революционная деятельность Глинского в армии привлекает к нему внимание руководства большевистской партии. Во время выборов в Учредительное собрание России он баллотируется по знаменитому пятому — большевистскому — списку и вместе с Лениным, Антоновым-Овсеенко, Снечкусом и другими большевиками избирается депутатом.

18 января 1918 года в Таврическом дворце в Петрограде состоялось заседание Учредительного собрания. Из 715 депутатов присутствовало немногим более четырехсот. Преобладали эсеры-центристы во главе с В.М. Черновым. Контрреволюционное большинство Учредительного собрания отказалось обсуждать предложенную большевиками Декларацию прав трудящегося и эксплуатируемого народа и ратифицировать декреты советской власти о земле и мире. Члены большевистской фракции, среди которых был и Станислав Глинский, покинули заседание. Затем ушли левые эсеры и представители некоторых других партий. Осталось всего около 200 депутатов, что было недостаточно для кворума. На другой день в пятом часу утра Учредительное собрание было закрыто по требованию начальника караула матроса Железнякова, заявившего изумленным депутатам: «Караул устал!»

В конце января 1918 года 17-й полк направляется на Урал для установления советской власти вдоль Сибирской железнодорожной магистрали. По прибытии в Челябинск Глинский поступает в распоряжение будущего героя Гражданской войны и видного советского полководца В.К. Блюхера. По постановлению краевого ревкома 17-й полк принимает активное участие в борьбе с казаками атамана Дутова.

Белоказачье движение на Урале в конце марта 1918 года было разгромлено. Однако в мае того же года вдоль всей Сибирской железнодорожной магистрали вспыхнул спровоцированный представителями Антанты вооруженный контрреволюционный мятеж находившегося в Советской России 45-тысячного Чехословацкого корпуса.

С началом мятежа отряд Станислава Глинского оказался отрезанным от центрального руководства. В районе Белорецка он влился в партизанское объединение под командованием Василия Блюхера. После выхода из окружения партизаны были преобразованы в 30-ю дивизию Красной Армии, а Глинский назначен начальником ее штаба.

В это же время отец Станислава Мартын Томашевич Глинский активно участвует в установлении советской власти в Усолье Сибирском, избирается председателем Совета депутатов трудящихся и вместе с секретарем Усольского райкома РСДРП П.П. Шефером и младшим сыном Романом создает Усольский красногвардейский отряд, который в конце июня 1918 года включается в активную борьбу с белочехами. 3 июля 1918 года М.Т. Глинский был убит белочехами в бою возле деревни Култук.

В ноябре 1918 года Станислав переводится на работу в Екатеринбургскую чрезвычайную комиссию, где занимает должность уполномоченного по информации Особого отдела ЧК, а вскоре становится его начальником. Именно в Екатеринбурге Глинский делает первые шаги в разведке.

В Екатеринбурге Глинский прослужил почти два года. В сентябре 1920 года он как польский коммунист был откомандирован в распоряжение Центра. Только что закончилась война с панской Польшей, и в тылу Красной Армии, а также вблизи российско-польской границы осталось множество польских агентов. Станислав получает новое назначение — он становится помощником начальника Особого отдела 16-й армии по агентурной работе.

Значительной частью белогвардейской вооруженной эмиграции являлись военнослужащие армий генералов Пермикина и Булак-Булаховича, находившиеся в Польше. После подписания Рижского договора польские власти ввиду отсутствия средств согласились взять на свое содержание только часть этих войск. Председатель Русского политического комитета в Польше Борис Савинков пытался найти у западных союзников деньги на содержание русских беженцев, но безуспешно.

3 ноября 1921 года в честь 4-й годовщины Октябрьской революции ВЦИК объявил амнистию отдельным категориям русских военнослужащих, находившихся за границей и желавших возвратиться на родину. Репатриация бывших русских солдат и офицеров стала принимать массовый характер. Но еще 22 февраля 1921 года в Новороссийск из Константинополя прибыл турецкий пароход «Решид-паша», на борту которого находились 3600 бывших военнослужащих армии Врангеля. Всего в 1921 году в Россию возвратилось около 120 тысяч человек.

Однако главнокомандующий Русской армией генерал Врангель противился возвращению беженцев. Он вынашивал планы крестового похода против большевиков и считал, что имевшихся у белой эмиграции сил — около 100 тысяч человек — для этого недостаточно. Разведывательные структуры Врангеля, а также Англии, Франции и Польши проводили активную работу по подготовке восстаний и мятежей в Советской России. К этой работе привлекались такие крупные специалисты своего дела, как британский разведчик Сидней Рейли, начальник контрразведывательной службы Врангеля на юге России действительный статский советник Владимир Орлов, Борис Савинков и его брат Виктор.

На английского разведчика Сиднея Рейли возлагалась задача координации деятельности русской, украинской (эмигрантских) и польской военных разведок. С этой целью в ноябре 1920 года он прибыл в Варшаву, где установил тесные контакты с представителями белой эмиграции. Одновременно русской военно-морской разведкой в Лондоне разрабатывались совместные с Англией и Францией планы по организации восстаний в Кронштадте и Петрограде в марте 1921 года.

В мае 1921 года чекисты вышли на след контрреволюционной организации «Народный союз защиты Родины и свободы» (НСЗРС) во главе с Борисом Савинковым. Ему удалось создать «Западный областной комитет» союза на Украине и в Белоруссии. Для борьбы с савинковскими террористами Артур Артузов разработал операцию «Синдикат-2», в которой принимал активное участие и Станислав Глинский.