Луи Пастер в начале 1860-х опроверг результаты Пуше. Он помещал кипяченую питательную среду в сосуд без крышки, но с длинным, узким, загнутым вниз горлом. Проникновению кислорода это не может помешать. Но микроорганизмы не зародились. Они появлялись, когда отламывали горлышко. Это значило, что они рождались от других микроорганизмов, переносящихся частицами пыли; когда же горло сосуда было извилистым, пыль оседала на изгибах и не добиралась до питательной среды. Откуда микроорганизмы-родители взялись в воздухе, Пастер не знал. Его опыты убедили не всех, и работы о самозарождении продолжали выходить. Г. Кларк утверждал, что самозарождение есть доказательство бытия Божия, Г. Чайлд издал две книги по самозарождению, Дарвин, прочтя их, писал Карусу 21 ноября 1866 года: «Я не верю в самозарождение, хотя ожидаю, что в будущем происхождение жизни будет объяснено, но сейчас, по-моему, этот вопрос выходит за рамки современной науки». Коллеги Дарвина разошлись во мнениях, причем его сторонники были склонны верить в самозарождение, а оппоненты — нет: Геккель считал, что оно существует, Уильям Карпентер его отрицал. Уаймен повторил опыты Пастера в Гарварде в 1862 и 1867 годах и заявил, что если раствор кипятить долго, то микроорганизмы в нем не появятся. Но в начале 1870-х английский медик Генри Бастиан воспроизвел опыт Пастера на сенном настое и, несмотря на изогнутое горло сосуда, микроорганизмы появились.

Бастиан был сторонником Дарвина, и для него самозарождение доказывало не бытие Божие, а эволюцию. Но Дарвин устоял. Гукеру, 12 июля 1870 года: «Самозарождение кажется мне почти столь же загадочным, как предопределение. Я не могу убедить себя, что такое многообразие организмов могло быть произведено подобно кристаллам в растворах, как у Бастиа-на… Против очевидности, я не могу не думать, что органические частицы (мои геммулы!) остаются живыми и потом размножаются в подходящих условиях. Какая это интересная проблема!»

Хаксли и Тиндаль раскритиковали Бастиана. В 1870 году на заседании БАРН Хаксли заявил, что живые организмы действительно возникли из неживой материи, но не враз, а в несколько этапов, на примитивной Земле, а сейчас это невозможно, потому что Земля изменилась; в ответ астроном Уильям Томсон (лорд Кельвин), противник Дарвина, предположил, что жизнь на Землю принесли метеоры из космоса.

Дарвин высказал свою гипотезу, примерно совпадающую с идеей Хаксли, в письме Гукеру от 1 февраля 1871 года: сейчас живое не родится из неживого, но, возможно, когда-то это произошло. «Говорят, будто сейчас есть все условия для первоначального появления живых организмов. Но если (О! и какое большое "если"!) бы сейчас… в каком-нибудь теплом маленьком прудике, содержащем все необходимые соли аммония и фосфора и доступном воздействию света, тепла и электричества, химически образовался белок, способный к дальнейшим все более сложным превращениям, то в настоящее время это вещество немедленно было бы разрушено и поглощено, что было невозможно в период возникновения живых существ». Позднее добавил в сердцах: «Сущий вздор рассуждать сейчас о происхождении жизни; с тем же успехом можно было бы рассуждать о происхождении материи».

Бастиан не сдался и в 1872-м выпустил книгу «Начала жизни», где утверждал, что наряду с рождением живых существ от родителей бывает и рождение от мертвой материи. Уоллес был сильно впечатлен и писал Дарвину: «Это заставит Вас изменить Ваши взгляды». Дарвин ответил, что концепция Бастиана его «восхитила, но не убедила, хотя в общем мне кажется, что, возможно, это и существует». А 2 сентября сказал Уоллесу, что не верит Бастиану: «Я предпочту любую безумную гипотезу вроде той, что каждая отдельная молекула самых низших форм может воспроизвести родительскую форму и что эти молекулы повсеместно распространены и не теряют жизнеспособности, пока не будут нагреты до температуры, при которой распадаются, как любая мертвая органика». (На самом деле ничего безумного: вирусы, они же «дикие гены», повсеместно распространены и не теряют жизнеспособности, если температура достаточно низка.)

В середине 1870-х Тиндаль доказал, что питательная среда даже в открытом сосуде не родит микроорганизмов, если из воздуха убрать пыль. Пастер тем временем понял, как Бастиа-ну удалось его уесть: микроорганизм в сенном настое («сенная палочка») не «самозародился», а был там изначально и пережил кипячение. Пастер изобрел прибор, в котором настой кипятился при 120 градусах и высоком давлении (в таком приборе, автоклаве, стерилизуют медицинские инструменты), и сенная палочка погибла, а Тиндаль придумал другой способ убивать микроорганизмы, которым кипяток нипочем: несколько раз нагревать раствор в течение многих дней.

В 1876-м в «Научно-популярном ежемесячнике» вышла статья преподобного Уильяма Дэлинджера (в соавторстве с ученым Дж. Дриздейлом) об опытах Тиндаля: он писал о том, как наука побеждает темноту, поведал о собственных экспериментах с гнилой треской и сказал, что священники обязаны защищать ученых. Говорили, будто Хаксли, Дарвин и Тиндаль отрицают самозарождение, потому что оно им невыгодно, а сами не объясняют, откуда взялась жизнь; Дэлинджер назвал эти обвинения смехотворными: если сии благородные мужи чего-то не объясняют, значит, время не пришло. (Дарвин назвал статью Дэлинджера лучшей, какую он читал о самозарождении в частности и науке вообще.) С Тиндалем он общался с 1867 года (признавался молодому физику, что «невежествен как свинья» в механике, и расспрашивал его насчет ледников); теперь Тиндаль писал ему: «Слава Богу, с самозарождением, этой чепухой, покончено». Дарвин его поздравил, но оговорился, что надо исследовать вопрос поглубже, Тиндаль обещал, но у него было слишком много других дел. К концу 1870-х почти все признали, что самозарождения нет. Так откуда взялась жизнь на Земле? Если даже принять идею Кельвина о космосе — а там откуда?

25 февраля 1882 года, когда Дарвину оставалось жить несколько недель, старый знакомый Дэниел Макинтош писал ему, что нужно признать либо самозарождение живого из неорганики, либо существование «внешнего Бытия», которое руководит процессом, третьего не дано. Дарвин отвечал 28 февраля: «Хотя, по-моему, до сих пор не было выдвинуто сколько-нибудь стоящих доказательств в пользу образования живого существа из неорганической материи, все же мне кажется, что такая возможность когда-нибудь будет доказана…»

Итак, если подытожить его высказывания, получается гипотеза: когда-то был на Земле «теплый маленький прудик, содержащий соли аммония и фосфора и доступный воздействию света, тепла и электричества», и «химически образовался белок, способный к дальнейшим превращениям», и не было живых существ, которые бы его сожрали, и возникли «отдельные молекулы самых низших форм», которые «могут воспроизвести родительскую форму», и эти молекулы не что иное, как «милые маленькие геммулы», частички наследственности… Чушь?