Другая группа крымцев бежала вверх по Каме к Вятке, но была подкараулена Бахтеяром Зюзиным с вятичами и истреблена, причем предводители её попали в плен. После этих событий казанцы обратились к царице с прошением, чтобы она «их соблюла здравых», выйдя замуж за престарелого Шах-Али.

Волевая и умная женщина, Сеюнбеки сумела провести с «женихом» переговоры и чуть было не сохранила власть за собой (а учитывая возраст Шах-Али — и за своим сыном). Однако Шах-Али вовремя спохватился. По его словам, договор расстроился якобы из-за того, что Сеюнбеки прислала ему в дарах еду с ядом и отравленную рубашку — довольно надуманный предлог, учитывая соотношение сил в Казани.

Как бы то ни было, дополнительные переговоры, в которых принял участие ближний царский советник Алексей Адашев, завершились поражением Сеюнбеки. Казанцы торжественно вывели свою царицу с сыном и придворными дамами из города и передали в руки воеводе князю Петру Серебряному, препроводившему знатных пленников в Москву.

16 августа 1551 года Шах-Али уже в третий раз занял ханский престол. По условиям договора хан должен был освободить всех пленных, а противоположная правая сторона Волги, где стоял Свияжск, отходила Московскому государству.

Русская земля праздновала «славную без крови победу», принимая вновь в своё лоно более 60 тысяч освобождённых из рабства единоплеменников. Астраханский хан прислал посольство с просьбой принять и его в подданство, «как и Шигалея царя (хана Шах-Али. — Авт.) и иных царей». Но положение в Казани было неспокойным.

Воевода Иван Хабаров и дьяк Иван Выродков, вошедшие в Казань вместе с небольшим отрядом стрельцов, извещали, что Шах-Али задерживает освобождение русских пленников, которых хозяева заковывают в цепи и прячут по ямам. Казанские послы, в свою очередь, требовали платить мурзам за службу высокое жалованье, «платье, и деньги, и сукна», выторговывали власть над правобережными чувашами или хотя бы налоги с них.

Дождавшись отъезда Хабарова и Выродкова, Шах-Али открыто проявил свой нрав, за который уже дважды изгонялся казанцами. Собрав своевольных князей у себя на пиру, он велел перебить их. За два дня резни в городе было убито семьдесят видных казанцев. В Казань вновь срочно выехал Алексей Адашев, которому Шах-Али сказал:

— Прожить мне в Казани нельзя, загрубил есми казанцам добре; брался выпросить им у царя московского правый берег Волги, и если этого не будет, то и я в Казани не усижу.

Адашев отвечал, что чувашей назад в казанское подданство никто не отдаст, и мир не утвердится до тех пор, пока все пленные не будут из рабства освобождены. Если же хан хочет из Казани бежать, то сначала должен ввести в город русские полки и воевод.

— Я мусульманин и не хочу против своей веры идти, — заявил хан, — но и государю вашему изменить не хочу. Некуда мне бежать, кроме как к московскому царю. Если казанцы встанут на меня — изведу лиходеев и убегу к государю!

Адашев уехал, убедив хана вести себя более мирно и в согласии с договором. В январе 1552 года переговоры продолжались в Москве через Ивана Васильевича Большого-Шереметева. Ему казанцы сильно жаловались на Шах-Али, «что их убивает, и грабит, и жен их и дочерей емлет сильно». Шереметев сумел договориться, что вместо хана московский царь пришлет в Казань наместника с войском и город будет управляться так же, как другие города Российского государства. Чтобы провести эту договоренность в жизнь, в феврале Адашев вновь направился в Казань, где столкнулся с неожиданно упорным противодействием хана.

— Мусульманского государства я не разрушу, — заявил Шах-Али, — а прожить мне в Казани нельзя, меня здесь убьют, убегу в Свияжск!

6 марта хан исполнил угрозу: обманом, собираясь будто бы на рыбную ловлю, выехал из города со множеством знати и вывел из Казани всех стрельцов, составлявших его охрану. По прибытии Шах-Али в Свияжск наместник и воевода князь Семён Иванович Микулинский-Пунков начал переговоры с горожанами Казани о принятии города под своё управление. Вскоре договор был заключен и утвержден многими видными казанцами. В город были направлены воеводские обозы с семьюдесятью казаками для размещения на тех дворах, которые отведут сами казанцы.

В сопровождении множества казанских князей воеводы Семён Микулинский, Иван Шереметев и Пётр Серебряный с полками направились к Казани. Перед самыми воротами они узнали, что в городе произошло восстание. Сторонники «священной войны» — муллы и другие исламские священнослужители сумели обмануть народ ложью, что все выехавшие из города казанцы перебиты и повязаны, что русские хотят вырезать всё мусульманское население.

Несмотря на то что множество казанцев жили в ту пору в незащищенном посаде под городом, Микулинский с товарищами «ни одному человеку лиха не учинили», стараясь переговорами склонить жителей к миру. Вскоре стало известно, что казанцы клятве изменили и на мир не согласны. Но Микулинский всё ещё надеялся успокоить волнения в городе и приказал отвести войска в Свияжск, чтобы продолжить переговоры.

Вместо них началась война. Бежавшие в город и захватившие власть мурзы, опираясь на мусульманское духовенство, всеми силами разжигали в народе ненависть к Руси. На казанский престол они пригласили из Астрахани ханского сына Еди-Гирея. Казанские отряды напали на правобережных чувашей, желая заставить их отказаться от русского подданства. Чуваши стояли крепко, в одном из боев даже захватили двух казанских мурз. Однако, видя, что зазимовавшие в Свияжске русские войска ослаблены цингой, чувашские князья завели тайные переговоры с казанцами.