Лучшим трудом о Смутном времени тогда стал «Опыт повествования о России» (1843) Николая Сергеевича Арцыбашева, заложившего академическую традицию изучения истории событий начала XVII века. Третий том работы Н. С. Арцыбашева, где рассказано о царствовании Лжедмитрия-Отрепьева, оказался забытым по недоразумению. Робкая критика, высказанная Н. С. Арцыбашевым в адрес H. M. Карамзина, была воспринята почитателями «великого историографа» с незаслуженной обидой. Между тем Н. С. Арцыбашев возражал против некоторых неточностей в хронологии автора «Истории государства Российского». Он также считал, что историк не должен наполнять свои труды нравоучениями, и упрекал H. M. Карамзина, что тот «ругается от себя» в адрес исторических героев. Чтобы лучше прояснить свою позицию, Арцыбашеву пришлось написать несколько томов «Опыта». История Лжедмитрия исследована им подробно, начиная с появления в Литве и кончая московским эпилогом. Каждый приведенный Н. С. Арцыбашевым факт впервые содержал отсылку в сносках на источники. Его работа хорошо показала различия в подходах историков, обязанностью которых являются доказательства, и литераторов, возмещающих отсутствие таких доказательств красотами стиля и догадками.

Новая веха в осмыслении истории самозванца связана с трудами Сергея Михайловича Соловьева. Восьмой том его «Истории России с древнейших времен», посвященный Смуте, подоспел с изданием в самую горячую пору общественных дискуссий в 1858 году. Во времена первой гласности снимались прежние цензурные ограничения, исчезали прежние барьеры в обсуждении истории России. Поэтому обобщающий труд С. М. Соловьева, рассказывавший о царствовании Лжедмитрия I, был воспринят не как обычное исследование историка. С. М. Соловьев начинал разбор «слухов и мнений о самозванце» с обсуждения того, что «человек, объявивший себя царевичем Димитрием, был истинный царевич». Но следом приводил аргументы и свидетельства источников, показывающие несостоятельность таких взглядов. Историка особенно убеждало сообщение наемного офицера и сторонника Лжедмитрия Конрада Буссова, восходившее к Петру Басманову, ближайшему боярину самозваного царя. Если уж сторонники Лжедмитрия говорили о самозванстве, то в этом — приговор версии о спасении царевича. Далее С. М. Соловьев задавался вопросом: «В собственной ли голове родилась мысль о самозванстве или она внушена была ему другими?» И здесь, пожалуй, впервые он обратил внимание на то, мимо чего прошли все, кто интересовался Лжедмитрием. С. М. Соловьев не исключал, что самозванство могло быть внушено Григорию Отрепьеву другими людьми. При этом беглый монах вполне искренне мог считать себя царским сыном. «В поведении его нельзя не заметить убеждения в законности прав своих», — писал С. М. Соловьев, отказываясь признавать Лжедмитрия «сознательным обманщиком». Историк даже намекал на «сходство» Лжедмитрия и Петра Великого, говоря, что самозванец слишком рано, «лет на сто», явился в русской истории. С. М. Соловьев решительно порывает с традицией, идущей от «Краткой церковной истории» (1805) митрополита Платона Левшина, считавшего самозванца воспитанником иезуитов (А. С. Пушкин отозвался об этих взглядах как «детских и романических») 51. С точки зрения С. М. Соловьева, Лжедмитрий был подготовлен боярами — врагами Бориса Годунова. «Это мнение о подстановке самозванца внутренними врагами Бориса, — писал историк, — кроме того, что правдоподобнее всех других само по себе, кроме того, что высказано современниками, близкими к делу, имеет за себя еще и то, что вполне согласно с русскими свидетельствами о похождении Григория Отрепьева, свидетельствами, которые, как мы видели, отвергнуть нет возможности» 52. Автор «Истории России с древнейших времен» хорошо осознавал и другое — невозможность окончательно раскрыть тайну происхождения первого Лжедмитрия, ее способность «сильно тревожить людей, у которых фантазия преобладает». С. М. Соловьев тоже столкнулся с противоречием интересов «романиста», доверяющего больше своему воображению, и историка, который не должен создавать «небывалое лицо с небывалыми отношениями и приключениями» 53. Однако сама «История России…» кроме большого успеха русской историографии стала еще и литературным событием, вызвав споры о личности самозванца.

Следующее десятилетие в освещении темы Лжедмитрия I прошло под знаком громкого спора о происхождении самозванца, начатого Николаем Ивановичем Костомаровым в работе «Кто был первый Лжедмитрий?» (1864). Подвергнув тщательному анализу аргументацию правительственных грамот Бориса Годунова, обличавших «Ростригу», Н. И. Костомаров выявил в них немало противоречий. В итоге он сделал вывод о том, что «в то время не было доказательств, что царь был Гришка Отрепьев, расстрига, беглец Чудова монастыря» 54. Проанализировав дальше «Извет Варлаама» (показания Варлаама Яцкого — одного из спутников Лжедмитрия, ушедшего с ним в Литву), сочинения иностранцев, Н. И. Костомаров, по сути, приходит к тому же выводу, что и С. М. Соловьев. Костомаров признает самозванца «творением боярской партии, враждебной Борису», и вслед за Соловьевым задается вопросом о «сознательном или бессознательном» самозванстве 55. В этом наблюдения Н. И. Костомарова почти не отличаются от его предшественника. Разве что в костомаровском исследовании справедливо поправлено неосторожное высказывание С. М. Соловьева о том, что обманщик Лжедмитрий обязательно должен быть злодеем. Н. И. Костомаров при этом напомнил о самозванце другого рода — Иване Александровиче Хлестакове… Но общие выводы двух историков совпадали: «Царствовавший у нас в Москве под именем Димитрия был не настоящий Димитрий, но лицо, обольщенное и подготовленное боярами, партиею враждебною Борису». Лжедмитрий не был «истинным царевичем», он всего лишь верил в свое «царственное происхождение» 56.

В дальнейшем, несмотря на возражения критиков, обратившихся к привычной версии о сознательном самозванстве Гришки Отрепьева 57, Н. И. Костомаров стремился подвести читателя к мысли о том, что нет никаких оснований доверять официальной пропаганде царя Бориса Годунова. История Лжедмитрия была подробно изучена им с привлечением многих новых польских и русских источников в книге «Смутное время» (1868) и в специальном биографическом очерке «Названый Димитрий» (1874) 58. Завершая этот очерк, Н. И. Костомаров высказывал прямые возражения против отождествления царя Дмитрия и беглого монаха. Мнение о «внутренней убежденности» Дмитрия в том, что он настоящий сын Ивана Грозного, историк считал вполне заслуживающим внимания. «Подготовлен» «названый Димитрий» был не московскими боярами, как считал С. М. Соловьев, а где-то в «польских владениях». Н. И. Костомаров удержался от окончательного ответа на вопрос о характере самозванства Лжедмитрия и прозорливо заметил: «Мы, однако, не должны слишком увлекаться блеском тех светлых черт, которые проглядывают не столько в его поступках, сколько в словах» 59.

Со времени публикации работ С. М. Соловьева и Н. И. Костомарова начинается своеобразная историографическая «развилка» в изучении биографии Лжедмитрия. Все основные вопросы и заслуживающие внимания версии этими историками были сформулированы и обсуждены, а самозванец стал восприниматься как более сложный, вовсе не однозначно отрицательный герой русской истории. Это чутко уловил Алексей Константинович Толстой, представивший еще одного Григория Отрепьева на русской сцене в завершающей части своей драматической трилогии «Царь Борис» (1870). В его пьесе все участники угличского дела, окольничий Андрей Клешнин, старица Марфа — бывшая царица Мария Нагая, знают, что Дмитрий убит, уверены в преступлении Бориса Годунова, но согласны принять того, кто назвался именем царевича Дмитрия, чтобы он отомстил Годуновым. Петр Басманов, принимая награды от царя Бориса, отдает должное храбрости Вора и даже готов сравнить его со «сражающимся львом». Однако в финальном монологе Борис Годунов обращался к боярам с обличением любой лжи, даже во имя интересов царства:

В этом итог жизни царя Бориса в пьесе А. К. Толстого, а также — другой финал известной исторической драмы Лжедмитрия. Пришло время и для оперы М. П. Мусоргского, снова и снова знакомившей ее слушателей с почти запретным ранее историческим сюжетом. Музыкальные образы мятущегося Бориса Годунова, упоенного своей тайной Самозванца и надменной Марины Мнишек стали господствовать над самой подлинной историей.

Тайна самозваного царя Дмитрия привлекала многих желающих в ней разобраться. Следствием стало появление все новых и новых материалов, без знакомства с которыми уже трудно представить историческое исследование о Лжедмитрии. Интересной находкой, немного приблизившей к разгадке тайны Лжедмитрия, стала запись на книге, обнаруженная профессором Волынской семинарии Амвросием Добротворским. Оказалось, что в 1602 году в Литве действительно путешествовали три монаха — Григорий (будущий московский «царевич»), Варлаам и Мисаил. Они получили в подарок от киевского воеводы князя Константина Острожского книгу святого Василия Великого «О постничестве» и сами сделали запись об этом 60. Таким образом, историки получили надежное подтверждение подлинности «Извета Варлаама», из которого известно об обстоятельствах ухода этой троицы в Литву. Были обнаружены знаменитые парные портреты Дмитрия и Марины Мнишек, происходившие из Вишневецкого замка; журнал «Русская старина» в 1876 году впервые опубликовал большим тиражом гравюру с портретом самозванца работы Л. Килиана.

Увидев Лжедмитрия таким, каким его видели польские современники, историки все равно продолжали спорить. Традиционный взгляд на самозванца по-прежнему находил своих сторонников. В частности, П. С. Казанский собрал доказательства о гибели настоящего царевича Дмитрия в специальном очерке, опубликованном в «Русском вестнике» в 1877 году. В новой версии событий Смуты Дмитрия Ивановича Иловайского — автора еще одного общего труда об этой эпохе (1894) — получалось, что Лжедмитрий был авантюристом и игрушкой в руках поляков, использовавших его, чтобы сеять смуту на Руси. По мнению Д. И. Иловайского, с появления самозванца собственно Смута и начиналась (как и изложение событий в его книге об этом времени): «Адский замысел против Московского государства — замысел, плодом которого явилось самозванство — возник и осуществился в среде враждебной нам польской и ополяченной западно-русской аристократии». Такой крайне консервативный взгляд заставлял быть последовательным. Для полноты своей концепции Д. И. Иловайский вынужден был отказаться даже от официальной версии тождества Лжедмитрия и Григория Отрепьева, заменив ее предположением, что Лжедмитрий был «уроженец Западной Руси и притом шляхетского происхождения» 61. Привыкнув к стилистике гимназических учебников, одобренных Министерством просвещения, Иловайский доказательствами себя не утруждал… Однако странно было читать такую историю Смуты после появления исследований Н. Левитского и В. С. Иконникова, опровергнувших представление о Лжедмитрии как о проповеднике католичества. Скорее, как не особенно изящно, но определенно выразился Н. Левитский, в самозванце можно было видеть «либерального царя, зараженного иноземщиной». Если замысел пропаганды католичества и существовал, то Лжедмитрии был первым, кто сумел его разрушить 62.